1.新石墨舟在第一次運用前主張運用去離子水+10%（體積比）的氫氟酸進行清洗約3~5小時；再用去離子水進行漂洗8~12小時；直到供認舟體沒有酸性成分，可在漂洗后用PH試紙測驗用過的水或洗過的舟，以供認清洗成果。然后依照要求進行烘干。
    2.運用后石墨舟的清洗：SHF的石墨舟一般在運用100-150次左右需要對其外表的氮化硅進行清洗。主張運用濃度15-25%的氫氟酸溶液，分三輪次來清洗，每次4-5小時，并在浸泡清洗的過程中進行周期性氮氣鼓泡，加半小時左右的清洗；留意：鼓泡不主張直接運用空氣作為氣源。酸洗后用純水漂洗10小時左右，并供認舟現已完全清洗潔凈，請在清洗結束后查看舟的外表、石墨卡點和舟片結合處、以及其它部位是否還有氮化硅的剩余。然后依照要求進行烘干。
清洗留意事項：
    A）由于HF酸歸于強腐蝕性物質并有必定的揮發性，對操作人員有必定的危險性。因而清洗崗位操作人員必須做好安全防護，并進行專人辦理。
    B）主張在清洗時將舟拆開后只對石墨部位進行清洗，這樣能將各個觸摸部位清洗的更完全。目前國內許多廠家選用全體清洗，雖然便當，但由于HF酸對陶瓷部件有必定的腐蝕性，全體清洗會縮短相應部件的運用壽數。